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質問
質問者：hotdog_ski PCRとプライマーの融解温度
困り度：
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 今度の化学の実験でDNAの電気泳動実験をやります。課題で、調べてプライマーの融解温度を計算しなければならないのですが、いろいろ調べてみても計算の仕方がよくわかりません。

プライマーの配列は
Primer#1:5'-GATGAGTTCGTGTCCGTACAACTGG-3'
Primer#1:5'-GGTTATCGAAATCAGCCACAGCGCC-3'

で、使う式は

Tm＝81.5+16.6×logO.047＋0.41×GC％−500/n

なんですが、このGC%とnと5'(3')の意味がよくわかりません。どうやって求めるのでしょうか？初心者でもわかるように教えていただけないでしょうか？
質問投稿日時：09/10/29 05:34
質問番号：5405257
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回答

良回答20pt
回答者：Dr_Hyper Ｔｍ(℃)=81.5+16.6*log[S]+0.41*(%GC)-(500/n)
の計算式が大元で、
[S]　　　：塩のモル数　
(%GC)　：オリゴヌクレオチド中のＧとＣ含量（％）
n　　　　：オリゴヌクレオチドの長さ(pb)
となっています。塩濃度[S]は通常Na+イオンのモル濃度を差すがＰＣＲ反応液の場合次のルールで計算します。
１.　Ｋ+イオンはそのまま加算する。
２.　Trisイオンは0.65倍して加算する。
３.　Mg2+イオンは計算に入れない。
たとえば、ＰＣＲバッファーの塩濃度が以下の場合には
50mM KCl
10mMTris-HCl (pH 8.4〜9.0 at 25 ℃)
1.5mM MgCl2
なので、[S] = 0.05 + 0.67*.01 = 0.0567 (M)
よって、計算式は
Tm(℃)=60.8+0.41*(%GC)-(500/n)
となりますね。ご参考までに。
まあ参考URLに配列をいれると大体の値は出してくれるのですが。。。。
教育的にはどうかともいますけど。
種類：アドバイス
どんな人：経験者
自信：参考意見
回答日時：09/10/29 15:35
回答番号：No.3
参考URL： ​http://www.riken.go.jp/lab-www/help2/members/kagawa/tmnumber.html​
この回答へのお礼ご親切にありがとうございました。大変勉強になりました

回答

良回答10pt
回答者：otx 忘れていました。
５’、３’ですが、

この図を参照してください。
​http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1d/AGCT_DNA_mini.png​

この図で小さく５’、３’と書いてあると思います。このことです。
簡単に言うと、
DNAはヌクレオチドからできていますが、それが結合するのは
そのリン酸と糖のところです。

化学はよくわからないので下記のURLを参照してください。
​http://mambo.kuhp.kyoto-u.ac.jp/~nonn/cpu/3.htm​

Tm値を出すのには関係ありません。
種類：回答
どんな人：専門家
自信：参考意見
回答日時：09/10/29 09:48
回答番号：No.2
この回答へのお礼勉強になりました！

回答

 
回答者：otx GC%というのは、そのものズバリ
プライマーの中のGとCの含まれる割合です。
GとCを数えてすべての塩基数で割ってパーセントを出すだけですよ。

nはプライマーの塩基数です。数えるだけです。
種類：回答
どんな人：専門家
自信：自信あり
回答日時：09/10/29 07:39
回答番号：No.1
この回答へのお礼この回答にお礼をつける(質問者のみ)
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