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質問
質問者：kazu-22 DNAバンドマーカーはなぜon iceでないとダメなの？
困り度：
  • 困っています
 PCR後の電気泳動でよく用いられるDNAバンドマーカーのことで疑問に思っていることがあります。

使用するときは、必ず「使用はon ice」で室温不可（保存は-20℃）と書いてあります。
これはどうしてですか？
Taqなどの酵素は「on ice」で取り扱わないと活性が失われるのはよくわかるのですが、バンドマーカーも制限酵素かなにかはいっているのですか？
ご存知の方がおられたら教えてください。
質問投稿日時：09/10/23 00:35
質問番号：5389104
この質問に対する回答は締め切られました。
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回答

良回答10pt
回答者：Mr_Spock ローカルルールですね。
私たちのところでは、長期保存用のストックは-20℃で保存していますが、当面使う分は、すぐに使えるようにSDS, EDTA入りの1xローディングバッファーに調製した状態で室温保存で、数カ月以上のスパンでまったく問題ありません。
種類：アドバイス
どんな人：一般人
自信：参考意見
回答日時：09/10/23 22:26
回答番号：No.4
この回答へのお礼ローカルルールだったんですね(^_^;)
説明書には４℃保存とあったので、泳動に利用する時はチューブを氷にさして（on ice）使っていました。
ありがとうございました！

回答

良回答20pt
回答者：Dr_Hyper DNAバンドマーカーというのが、DNAラダーまたはDNA分子量マーカーのことでしたら、すこし変ですね。
分解される場合もあり得ますので、保存が-20度というのはありだとおもいますが、使用するのにon iceで室温では使えないというのはあまり一般的な製品または自作のものではない気がします。
「使用はon ice」という質問文の表現が、使用”中”は、つまり言い換えると短期保存つまりrunning stockの場合にはというのでしたら、まあそれは頷けますが。
SDSやEDTAなどDNA分解酵素または制限酵素などを阻害するための試薬を、bufferに特に入れていない場合、しかもラダーを作製するときに使用した酵素などを除いていない物もありますので、その場合には弱いながらもラダーを分解する活性があることが考えられます。つまり泳動時以外はなるべく低温で。という意味ではないでしょうか。
もし作り方やメーカーなど補足していただければ詳しくお答えできるかも知れませんが。
種類：回答
どんな人：経験者
自信：参考意見
回答日時：09/10/23 11:07
回答番号：No.3
この回答へのお礼詳しいご回答ありがとうございます！
「50-1,000 bp DNA Marker」（タカラ）は4℃保存と取説と書いてありましたので、アガロースゲルにアプライする時はon iceにしていました。
DNAmarkerはDNAが入っているのでDNAに適した温度（4℃）に近いon iceなのかな〜と思っていました。

回答

 
回答者：DoubtOwl DNA分子量マーカーですよね？

マーカーもDNAなので常温だと変質してしまうのではないでしょうか？
種類：回答
どんな人：一般人
自信：参考意見
回答日時：09/10/23 10:20
回答番号：No.2
この回答へのお礼ご回答ありがとうございます！
私もDNAmarkerはDNAが入っているのでDNAに適した温度（4℃）に近いon iceと納得してました。
いろいろ実験て難しいですね。

回答

 
回答者：otx 分子量が小さいDNAがDenatureしやすいとか。
種類：アドバイス
どんな人：専門家
自信：参考意見
回答日時：09/10/23 08:06
回答番号：No.1
この回答へのお礼ご回答ありがとうございます！
DNAは室温に長く置いているとダメになると聞いたことがあるので、DNAの適切な温度4℃で保存・使用するのがいいのかもしれませんね。
いろいろ勉強になりました。
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