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質問
質問者：caecar13 ChIPアッセイの定量
困り度：
  • 困っています
 まだまだ研究室に入りたてで未熟で常識かもしれませんが、
ChIP(クロマチン免疫沈降)アッセイを行い、その後のPCRをRT-PCRすることで、バンドの濃さを定量する。quantitative ChIP assayという手法が論文に載っていました。この実験ではコントロールをどのように設定してうのでしょうか？単純なRT-PCRではアクチンなどをコントロールとして用いますが、ChIPの場合では抗体で特異的なクロマチンを沈降させるためコントロールとなる遺伝子が無いのではないでしょうか？
つたない文章ですが分かる方がいましたお願いします。
質問投稿日時：09/08/26 20:26
質問番号：5239086

回答

 
回答者：overthisgraysky 自分もまだ勉強中なのですが、コントロールはいくつかあります。
例えば、２つのサンプルから回収したクロマチンに対して、蛋白質Aに対する抗体で免疫沈降して、遺伝子Bのプロモータ−に対するqPCRを行なう場合、
免疫沈降のコントロールとして、抗体の代わりにIgGだけを使います。
qPCRのコントロールとして、遺伝子Bのプロモーターではない領域、あるいは遺伝子Bとは別の遺伝子（GAPDHなど）に対するプライマー/プローブを使います。
種類：回答
どんな人：一般人
自信：参考意見
回答日時：09/08/28 02:23
回答番号：No.1
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